儿童急性呼吸道感染病毒病原诊断通常采用呼吸道标本进行检测。上呼吸道标本检出病毒能否真正反映下呼吸道感染病原尚有争论，但是由于儿童下呼吸道标本的获得存在一定困难，因此常用鼻咽吸取物和鼻咽拭子代替下呼吸道标本。
样本采集
1.咽拭子，包括鼻咽拭子和口咽拭子。鼻咽拭子的病原检出率较口咽拭子高。
2.鼻咽吸取物，鼻咽吸取物较咽拭子有更高的阳性检出率，可用于病毒核酸和病毒抗原检测。
3.支气管肺泡灌洗液，支气管镜操作的适应证,禁忌证和注意事项参照相关指南。
4.痰液，适合于病毒核酸和病毒抗原检测。
5.气管吸取物，有气管插管或气管切开等人工气道的患儿无法自行咳痰，可通过吸痰管从气道吸取标本。
6.血清标本，应尽可能采集急性期和至少间隔2周的恢复期血清，要注意防止标本溶血。
样本运输
呼吸道标本应在室温下30min内送检，4℃环境下可在2～4h内送检，来不及处理的标本4℃保存不应超过48h。
易干燥的病毒样本（如咽拭子）必须采用VTM（病毒运输液）或其他相应的缓冲液保存样本，液体标本如支气管肺泡灌洗液一般不必使用VTM运送。
当需要对标本进行多种微生物检测时，采集的标本中不宜加入VTM，而需要分别采样或将标本分装至合适的运送培养基中。
如果预计可能延迟24h才能送检，标本应在-70℃条件下保存，但用于病毒分离的样本不推荐低温冷冻（≤-70℃）。同时标本应避免反复冻融。
检测方法
1.病毒分离培养：经典病毒分离培养方法有动物培养、鸡胚培养和组织细胞培养。组织细胞培养因操作相对简单且成本较低而被广泛采用。
注：呼吸道病毒分离培养是病毒检测的金标准，但培养周期较长，检测环节较多，操作不易标准化，对人员技术要求较高，不适合临床开展。
2.病毒抗原检测：病毒抗原和特异性抗体相互结合，快速检测临床标本中的病毒抗原。根据抗体标记物的不同，有直接或间接免疫荧光法、放射免疫法、酶联免疫法、胶体金免疫分析、免疫层析法等。
目前国内常用的直接免疫荧光法检测试剂盒可以检测呼吸道合胞病毒、腺病毒、流感病毒A、流感病毒B、副流感病毒1、2、3等7项病毒。
临床采集的鼻咽和气管吸取物、BALF或痰液均可用于免疫荧光法检测呼吸道病毒抗原，而咽拭子获取的细胞数较少，不适用于免疫荧光法检测。
胶体金免疫分析和免疫层析法检测呼吸道病毒抗原操作简单、快速，不需要特殊设备，可实现床旁检测（POCT）。
呼吸道病毒抗原检测特异度较好，阳性提示活动性病毒感染，但灵敏度较低，需要采集到足够量的呼吸道上皮细胞，因此阴性不能排除相关的病毒感染，此外污染的黏液可产生非特异性荧光，需要经验丰富的实验技术人员进行判断。
3.核酸检测：随着分子生物学技术的不断改进，病毒核酸检测方法迅猛发展，由于其快速、简便、高通量、高敏感度及高特异度的优势，成为诊断呼吸道病毒感染的主要方法。
临床采集到的咽拭子、吸取物、BALF或痰液均可用于检测。
目前核酸检测技术已可实现POCT，1h左右可获得多种常见呼吸道病毒的核酸检测结果，为临床呼吸道病毒感染的诊治提供快速诊断。
二代测序技术不但在高通量方面表现出优势，而且在发现新病原方面也有突破性进展，但目前二代测序的结果还需要验证，不能直接用于临床诊断，且费用较高。
核酸检测技术特异性强、敏感、快速，可用于早期诊断，但由于潜在的残留污染和交叉污染，存在核酸检测假阳性的可能，且部分病毒核酸检测阳性（如鼻病毒、肠道病毒和冠状病毒等）不能确定是否为现症感染，要结合流行病学、临床特征及血清抗体检测等综合判断。
4.病毒直接检测：通过电子显微镜可直接观察到呼吸道标本中病毒的典型特征形态，但要求标本中有大量的病毒（108～109/L）才能检测到，并且需要有经验的技术人员和昂贵的电子显微镜设备，操作复杂，技术要求高，不适宜用于呼吸道病毒感染的临床诊断。
5.血清抗体检测：病毒感染的血清学检测方法包括补体结合试验、血凝抑制试验、中和试验、免疫黏附血凝试验等，机体对病毒入侵作出应答或通过免疫反应可检测到抗体。