1、粪便
采集方法：
选取脓血、黏液粪便2-3g，液体粪便取絮状物1-2ml。盛于灭菌瓶中或蜡纸盒中及时送检。
2、肛拭子
在无法获得粪便的情况下，可用经无菌甘油水或无菌生理盐水湿润的肛拭子插入肛门4-5cm（幼儿2-3cm）处，轻轻旋转擦取直肠表面黏液后取出，置运送培养基中送检。
泌尿道
跟据卫生部《医学感染诊断标准》（试行）通知，泌尿系统临床诊断为：患者出现尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状，或有下腹触痛、肾区叩痛、伴或不伴发热，并具有下列情况之一：
（1）尿检白细胞男性≥5个/高倍视野，女性≥10个/高倍视野，插导尿管患者应结合尿培养；
（2）临床已诊断为泌尿道感染，或抗菌治疗有效而认定的泌尿道感染。
1、中段尿
采集方法：
①女性 采样前用肥皂水或0.1%的高锰酸钾溶液冲洗外阴，用手指江阴唇分开排尿，弃其前段尿，不终止排尿，留取中段尿10ml于灭菌容器内。
②男性 用肥皂水清洗尿道口，或0.1%的碘伏溶液消毒尿道口，灭菌纱布擦干，上翻包皮，弃其前段尿，不终止排尿，留取中段尿10ml于灭菌容器内。
2、膀胱穿刺采集法
避免污染是很困难的，培养结果与病情不符时，或尿厌氧菌培养，或婴幼儿中段尿采集困难时，可以用耻骨上穿刺膀胱内采尿。
3、留置导尿者采集法
拔去闭式引流的集尿袋，弃去导尿管前段尿液，留无污染的膀胱内尿液10ml送检。不可从集尿袋下端留取标本。