1、口咽拭子
（1）病人清水漱口后，由检查者将其舌外拉使悬雍垂尽可能向外牵引，棉拭子越过舌根到咽后壁或悬雍垂的后侧，反复擦拭数次，插入运送培养基。棉拭子应避免接触舌，口腔黏膜和唾液。
（2）对化脓性扁桃体炎或口腔念珠菌病，用棉拭子在病灶部位擦数数次即可。
伤口、烧伤创面与脓液
（1）无菌生理盐水擦洗病灶表面后，用棉拭子取病灶深部的脓液和分泌物，置运送培养基内送检。
（2）对未溃破的脓肿宜用碘酒、酒精消毒皮肤后，以无菌注射器抽取脓液送检；也可于切开排脓时用无菌棉拭子采样。
2、粪便
（1）排便后，挑取有脓液，粘血部分的粪便约2~3克（液状粪便择取絮状物），盛于广口瓶或无菌痰盒送检。
（2）对不易获取粪便者或婴幼儿，可用直肠拭子采集。将拭子前端用无菌盐水湿润，然后插入肛门约4~5厘米（婴幼儿2~3厘米）处，轻轻旋转取直肠表面粘液后退出，置运送培养基内送检。
3、生殖道标本
（1）根据不同感染种类和病变特征采集不同的标本。采集尿道标本时，先用生理盐水局部清洗，以无菌棉拭子插入尿道口1~2厘米，停留十秒钟，轻轻旋转拭子后退出。
（2）对外阴部糜烂，溃疡者，生理盐水清洗后用棉拭子擦取病灶边缘的分泌物。
（3）阴道和宫颈口分泌物需在窥阴器下用长棉拭子采集。
（4）子宫内分泌物需用无菌导管抽取。
（5）女性盆腔脓肿，应在阴道局部消毒后，由直肠子宫凹陷处进针抽取。
（6）前列腺液需进行前列腺按摩获取。
4、组织标本
(1)表浅的感染组织和各种窦道标本可用棉拭子擦拭，小刀刮取，穿刺抽吸或手术切除。对窦道和瘘管应深部刮取管壁组织。
(2)深部标本可经皮穿刺采集和手术采集。标本置无菌容器并加少量生理盐水以保持湿度，或置肉汤增菌液。
(3)尸检标本应于死后20小时内采取。
(4)做病原体分离的组织标本，不可用福尔马林固定。疑有污染的较大的组织块，可将其置于沸水中5~10秒使其表面消毒后，再用无菌器械切开组织，取中央部位标本送检。