儿童急性呼吸道感染病病毒原诊断通常采用呼吸道标本，上呼吸道标本主要包括口咽拭子、鼻咽拭子、鼻咽吸取物；下呼吸道标本主要包括痰液、气管吸取物、支气管肺泡灌洗液等。上呼吸道标本检出病毒能否真正反映下呼吸道感染病原尚有争论，但是由于儿童下呼吸道标本的获得存在一定困难，因此常用鼻咽吸取物和鼻咽拭子代替下呼吸道标本。
标本采集的重要性
目前有70%～80%的临床诊断和病情评估需要实验室检测结果来辅助。获得准确可靠的检验结果依赖于分析前、分析中和分析后的质量控制，通常分析前阶段所用时间约占整个分析过程的 57%，发生在分析前的误差占整个分析过程误差的70%以上。分析前阶段按时间顺序，从临床医生提出检验申请，到分析检验程序启动时终止的步骤，包括检验申请、患者准备、原始样品的采集、标本运送到实验室并在实验室内进行传输。
正确规范地采集合格的标本是分析前质量控制的重要环节。适当的标本管理对患者诊疗有决定性的影响，它是实验室准确诊断的前提，可以影响治疗决策，影响医院感染控制，影响患者住院时间、住院费用和实验室费用等。低质量标本会影响检验结果的准确性，不准确的检验结果会影响医院向患者提供最佳诊疗效果的能力。任何一个退回的检验标本，不仅会导致治疗时间的延误，还会造成再次采集标本的困难，进而影响到患者的信任，材料成本及人力成本也跟着增加，所以要强调分析前质量控制管理，提高标本的质量。
标本采集的相关问题
呼吸道标本是临床微生物实验室接收到的最常见的标本，但此类标本的采集和送检存在诸多不规范之处，影响了呼吸道感染病原的诊断。微生物学标本的选择和收集是由医护人员而不是实验室来完成的，因此，临床医护人员应知晓微生物标本采集和运送要求，协助实验室提供准确、有临床意义的结果。呼吸道标本主要包括口咽拭子、鼻咽拭子、鼻咽吸取物、痰液、气管吸取物、支气管肺泡灌洗液等。目前，临床微生物室接收最多的标本是痰细菌培养，然而痰标本并不是诊断细菌性肺炎的最佳标本，痰标本在某种程度上都有口咽部正常菌群的污染。由于儿童很难咳出合格的痰液，痰同样不是儿童呼吸道病毒感染检测的最佳标本。
多数呼吸道病毒的主要复制部位为后鼻咽部纤毛柱状上皮细胞，其次为前鼻孔和口咽部纤毛上皮细胞，因此可用咽拭子代替痰液，且鼻咽拭子的病原检出率较口咽拭子高。鼻咽吸取物较咽拭子有更高的阳性检出率，可用于病毒核酸和病毒抗原检测，是＜2岁儿童的首选。