1. 咽喉标本应仅常规检测和培养β 溶血性链球菌。化脓性链球菌作为首要的考虑是因为它能够导致后遗症，C 群和G 群β 溶血性链球菌也可以从有症状的患者咽喉中培养分离出来。
其他的微生物不同于β 溶血性链球菌，不会引起急性咽炎。葡萄球菌可能会引起扁桃体肿大。流感嗜血杆菌引起压缩性的会厌炎，白喉棒状杆菌引起膜性咽炎。
如果怀疑是淋球菌或其他溶血性链球菌，应该通知实验室。从标本中直接检测A 群链球菌抗原在某些病例中缺乏敏感性，特别是当标本中菌量较少或者采样方法不正确时尤为明显。抗原检测阴性时需要做培养或DNA 探针来确认。
2. 尝试着从咽喉发现流感嗜血杆菌是某些医院或实验室的强项，但不应该被鼓励，即使是儿童。
健康成人和儿童的咽喉有很高比例的流感嗜血杆菌定植。如果怀疑是嗜血杆菌感染，医生必须特别通知实验室。会厌炎最好是通过血培养来确认，而不是咽喉培养。用棉签采样可能引起喉头痉挛。
目前由于在儿童中广泛应用嗜血杆菌疫苗，由流感嗜血杆菌导致的会厌炎和脑膜炎现在已经很少见。
3. 从咽喉培养分离出的菌株不应该做抗菌药物敏感试验，除非患者对青霉素过敏。
咽喉培养分离出的菌株抗菌药物敏感试验仍然不必做，因为有很多抗菌药物可以用于治疗这些感染。另外，有些菌的标准药敏试验方法和折点尚未建立。
4.咽喉培养出的大肠杆菌通常不报告。
大肠杆菌很少引起咽炎，但可以定植在咽喉作为下呼吸道感染的潜在病原。住院患者通常会有大肠杆菌的定植，这些菌株对许多抗菌药物都耐药。然而除非特别需要或出于感染控制的目的，抗菌药物敏感试验不必做。
5.鼻窦炎可以临床诊断而不需要取标本进行培养。适合的标本应该是鼻窦穿刺吸取物而不是
采样拭子。
鼻窦炎的病原谱是众所周知的，因此经验治疗常常有效。咽喉部标本、鼻腔引流液或常规的鼻咽培养常常不能找到引起鼻窦炎真正的病原体。因此鼻窦穿刺吸取物是合适的标本。
6.采集咽喉标本进行直接抗原检测与进行培养一样重要。
所有通过咽喉部A 群链球菌直接抗原测试来发现病原微生物的能力都是非常有限的。若抗原检测阴性推荐加做培养。采集不当的标本可能导致棉签上A 群链球菌的数量非常有限，因此导致直接抗原实验弱阳性或阴性。