首先，需要说明的是，这两种方法的全称分别为口咽拭子和鼻咽拭子。如果规范操作，使用口咽拭子或鼻咽拭子采集标本的方法，在本质上并没有区别，都是为了采集到咽部标本，进行新冠肺炎病毒核酸检测，以判定被采样者是否感染了新冠肺炎病毒。
所不同的是，为了采集到咽部标本，一种是将采样工具通过口腔进入的方法采集口咽部标本，一种是将采样工具通过鼻腔进入的方法采集鼻咽部标本。因此，分别被称为口咽拭子、鼻咽拭子。
在采集口咽拭子的样本时，采样者是可以看见所要采样的咽部位置，但对口咽粘膜的刺激性较大，可能导致被采样者咳嗽、恶心，甚至呕吐等反应。而采集鼻咽拭子的样本时，对鼻咽粘膜的刺激性则相对较小，但采样者看不见采样的咽部位置，主要依靠手部感觉到的阻力来完成采样。