传统的CT检测以抗原抗体检测为主，NG检测以培养法为主，均存在灵敏度低及采样要求高等不足。
诊断技术的进步为CT/NG感染防控带来了重要突破：核酸扩增试验（NAATs）灵敏度及特异性高，结果更可靠，还可简化筛查的取样方式。过去，标本采集通过宫颈拭子或尿道拭子，标本质量至关重要，棉签可能影响检测结果。NAATs对样本采集要求较低，阴道拭子、宫颈拭子和初段尿的标本对检测敏感性与特异性影响不大。非侵入性检测方便快捷，不适感较少，更容易被接受，同时增加了机会检测概率。目前，国际上推荐的CT/NG筛查标本类型为男性首选尿液，女性首选自采样阴道拭子；男性尿道拭子，女性首段尿、宫颈拭子也可接受。
NAATs是《美国CDC性病防治指南（2015版）》及《WHO男性不育标准化诊疗手册》等国内外指南推荐的CT/NG筛查首选检测方法。中华医学会妇产科学分会感染学组发布的《女性生殖道CT感染诊治共识（2015版）》指出，NAATs是目前诊断CT感染敏感性和特异性最高的方法；对女性使用NAATs方法筛查CT感染时，经阴道、尿液取材与经宫颈取材敏感性相符、特异性无明显差异。最新发布的WS268-2019《淋病诊断标准》也将NG核酸检测列入实验室检查方法，尿液、尿道或宫颈分泌物均可作为核酸检测标本。
郑和平教授表示：“当前，许多实验室仍采用传统的CT/NG检测手段，NAATs尚未普及，这大大影响了我国CT/NG感染防控的效果。NAATs不同靶基因的检测敏感性和特异性不一。cobas?CT/NG检测采用CT双靶基因（质粒/OMP1）和NG靶基因DR9，对聚合酶链式反应（PCR）敏感性高，可保证尿液样本检测结果的准确性，加上自动化程度高的特点，是CT/NG感染筛查的理想检测方法。”
罗氏诊断cobas?CT/NG检测采用NAATs定性检测同一标本中的CT和NG水平，并在每个样本中加入内标，监测检测全过程，搭配全自动操作平台，在确保结果准确的同时显著提高检测效率，并同时获得中国国家药品监督管理局（NMPA）和美国食品药品监督管理局（FDA）认证。